博物館入口由五樓進入參觀,二樓、三樓、四樓及五樓設有展覽空間。 一樓大廳內設有服務諮詢台、售票處、博物館商店及咖啡廳等,提供參觀民眾休閒及參觀後小憩。
世界船舶區
設置在本館5樓展場,規劃有原始船、西洋帆船、機械動力船、中國帆船/台灣民船...等4個單元展區,提供觀眾認識世界船舶發展沿革的一扇櫥窗。
現代輪船區特展區
設置在本館4樓展場,規劃有遠洋客輪、現代貨船、現代軍艦...等3個單元展區。
規劃有航空體驗區及多功能空間。
海洋畫作區海洋台灣區
依其主題內容分成波瀾壯闊、風起雲湧、船的禮讚、怒海狂濤 ...等單元,藉以引領觀眾進入海洋畫的世界。
本區以世界史的角度,詮釋數百年來台灣及其居民與海洋的關係,希望藉此讓台灣民眾對台灣的歷史有新的體認。
航海探索區
本區利用多年來所蒐藏的各式航儀,透過主題性的展示方式,讓觀眾瞭解船舶的基本配置與船員航行的相關知識。
大廳
提供售票服務,及各式商品販售。
提供輪椅及娃娃車租借服務,請憑有效證件租借。* B1哺集乳室,請洽詢1樓後門警衛室。